序論　メタボロミクスの現状と可能性
1 メタボロミクスの上流に位置するオーム科学
2 メタボロミクスの位置づけ
3 メタボロミクス技術の現状
3.1 分析技術
3.2 情報処理技術
4 メタボロミクスの応用展開
4.1 生命科学への応用
4.2 実用技術としての可能性
5 おわりに
第1編 【分析技術】
第1章 メタボロミクスにおけるHPLCの応用
1 はじめに
2 LC-MSによる非特異的メタボロミクス
3 LC-MSによる特異的メタボロミクス
3.1 官能基特異的分析法の有用性
3.2 アミノ基-アミノ酸
3.3 カルボキシル基-TCAサイクルを構成する代謝物
3.4 リン酸エステル-解糖系やペントースリン酸系を構成する代謝物
4 おわりに
第2章 メタボロミクス,プロテオミクスのためのナノLC-MSシステム
1 はじめに
2 ナノLCカラムと質量分析計とのインターフェース
3 注入システム
4 カラム径,流速の影響
5 オフラインLC-MS/MS
6 多次元分離
7 今後の展望
第3章 CE/MSによるアニオン性代謝産物解析システムの開発
1 はじめに
2 アニオン性代謝産物プロファイリングのためのCE/MSシステム
3 技術的課題
3.1 質量分析計の使い分け
3.2 サンプル調製法
3.3 定量法
3.4 感度
3.5 移動時間再現性
4 おわりに
第4章 超臨界流体クロマトグラフィー/質量分析による脂質プロファイリング
1 はじめに
2 超臨界流体クロマトグラフィー(SFC)とは?
3 SFC/MSによる脂質分析条件の検討
4 脂質混合物のSFC/MS分析
5 おわりに
第5章 フーリエ変換イオンサイクロトロン質量分析装置(FT-ICR MS)を用いたメタボリックプロファイリング解析
1 序論
2 FT-ICR MSによる分析
2.1 FT-ICR MSの原理
2.2 FT-ICR MSによる分析
3 FT-ICR MSを用いたメタボローム解析
3.1 メタボローム解析におけるFT-ICR MS
3.2 サンプル抽出および前処理
3.3 FT-ICR MS分析
3.4 データ解析
3.5 MSMS分析
3.6 イオンサプレッションの問題点
4 研究例—除草剤による代謝攪乱のメタボリックプロファイリング解析—
4.1 導入
4.2 方法
4.3 結果
5 展望
第6章 LC-FT-ICR-MSによる未知代謝物のアノテーション
1 はじめに
2 未知代謝物のアノテーションにおけるLC-FT-ICR-MSの有効性
3 代謝物アノテーション方法
4 トマト果実における代謝物アノテーション例
5 代謝物アノテーション情報の応用-トマトフラボノイドの代謝-
6 今後の課題と展望
第7章 FT-NMRを用いたメタボリック・プロファイリング
1 NMR-MP導入—何が必要か—
2 NMRの調整—良いデータセットを得るために—
3 シム調整—プロファイリングに分解能は不要か?—
4 水信号消去操作
5 NMR-MPにおけるデータポイント
6 NMR-MP試料調製
7 NMR-MP自動測定
8 NMR-MPデータ処理
9 標的型NMR-MP
10 非標的型NMR-MP
第8章 メタボノミクスとNMR技術開発
1 メタボノミクスとメタボロミクス
2 多様なNMR計測手法
2.1 抽出物計測と非侵襲計測
2.2 観測核の選択
2.3 パルス系列の選択
2.4 NMRデータ解析法の実際
3 メタボノミクス解析の報告例
3.1 環境メタボノミクス
3.2 栄養メタボノミクス
3.3 システム生物学,フラクソミクス,合成生物学
4 計測機器開発の重要性
第9章 脂質メタボロミクスとその応用
1 はじめに
2 脂質メタボローム解析法
2.1 グローバル解析法
2.2 グループ特異的解析法
2.3 個別分子特異的解析法
2.4 データ解析法
3 酸化脂肪酸の包括的測定系
3.1 固相抽出法によるサンプル前処理
3.2 酸化脂肪酸同定法
3.3 MRMの利点とLCによる分離の意義
3.4 内部標準法による定量と検出限界
3.5 急性腹膜炎モデルの酸化脂肪酸解析
4 新しい手法
5 おわりに
第2編 【情報処理技術】
第10章 メタボロミクスデータ解析のための基礎統計学
1 統計学の基礎
2 多変量解析
2.1 回帰分析
2.1.1 相関係数
2.1.2 重回帰分析の実際
2.1.3 回帰式の検定
2.1.4 部分最小二乗法(PLS)
2.2 主成分分析
2.3 因子分析
2.4 判別分析
2.5 クラスター分析
2.6 自己組織化マップ(SOM)
3 まとめ
第11章 生物種-代謝物関係データベース:KNApSAcK
1 はじめに
2 メタボローム・バイオインフォマティクス(スペクトル解析)
3 一括処理型の自己組織化法(BL-SOM)
3.1 初期ベクトルの設定
3.2 入力ベクトルの分類
3.3 代表ベクトルの更新
4 トランスクリプトームおよびメタボロームデータの統合的な解析
5 生物種-代謝物関係データベースKNApSAcK
6 KNApSAcKの検索機能
6.1 検索方法
6.1.1 化合物名,生物種名からの検索
7 ソフトウエアのダウンロード
第12章 メタボロミクスの理解に有用な代謝マップビューアー・代謝経路データベース
1 はじめに
2 個別の代謝マップビューアー・代謝マップデータベースの紹介
2.1 KEGG
2.1.1 KEGGの特徴
2.1.2 KEGG PATHWAYの機能
2.2 BioCycおよび関連のパスウェイデータベースについて
2.2.1 BioCycの概要と特徴
2.2.2 BioCycの機能
2.3 MapMan
2.3.1 MapManの特徴
2.3.2 MapManの機能
2.4 KaPPA-View2
2.4.1 KaPPA-View2の特徴
2.4.2 KaPPA-Viewの機能
3 おわりに
第13章 微生物の代謝シミュレーション
1 はじめに
2 各種の微生物モデル
3 微生物代謝の構造化モデル
4 動的モデリングにおける酵素反応速度式の問題
5 マルチオミクスデータの利用
6 おわりに
第3編 【生命科学への応用】
第14章 メタボロームデータを用いた代謝フラックス解析
1 13C標識を用いた代謝フラックス解析
2 GC-MSおよびNMR分析のためのサンプル調製
3 GC-MS分析条件
4 NMR分析条件
5 代謝フラックス解析のためのモデル構築
6 13Cフラックス解析(13C MFA)方法
7 測定データの誤差に対する13C MFAの精度解析
8 決定されたフラックスの精度
9 NMR分析データによる13C MFA結果の検証
10 二種のコリネ型細菌の13C MFA
11 まとめ
第15章 in vivo同位体標識による網羅的代謝物ターンオーバー解析
1 はじめに
2 代謝フラックス解析の現状
3 代謝フラックス解析の技術的要素
4 培養細胞における代謝産物のin vivo 15N標識率測定
5 おわりに
第16章 ゲノミクスとメタボロミクスの生物学的解析技術としての融合
1 はじめに
2 ゲノミクス
3 メタボロミクス
4 ゲノミクスとメタボロミクスの融合
5 ゲノミクスとメタボロミクスの融合から得られた結果の考察
6 おわりに
第17章 メタボロミクスを基盤とした植物ゲノム機能科学
1 はじめに
2 植物におけるメタボロミクス
3 植物代謝産物の多様性と植物ゲノム
4 メタボロミクスとトランスクリプトミクスの統合による遺伝子機能同定
5 公開トランスクリプトームデータベースを利用した遺伝子機能同定
6 メタボロミクスと植物二次代謝
7 おわりに
第18章 オミクス統合解析による植物代謝の解明
1 植物代謝の環境応答
2 植物代謝に関する機能ゲノム科学
2.1 グルコシノレート生合成酵素遺伝子群
2.2 グルコシノレート生合成を制御する転写因子
3 おわりに
第4編 【実用技術としての可能性】
第19章 診断と個別化医療のための非侵襲的ヒトメタボロミクス
1 はじめに
2 メタボリックプロファイリングからメタボロームプロファイリングへ
3 メタボローム解析では多種類の酵素機能と塩基配列異常を包括的に観ている
4 試料としての尿の特長
5 簡易ウレアーゼ法による尿の前処理とGC-MSによる代謝物の計測
6 内部標準物質の添加,安定同位体希釈法等を用いた定量性の向上
7 GC-MS測定条件
8 クレアチニン定量
9 指標物質異常度評価とその応用
10 GC-MS測定の特長
11 個別化医療
12 先天性代謝異常症のローリスクおよびハイリスクスクリーニング,化学診断,モニタリング
13 おわりに
第20章 自動化脂質分析装置を用いた病態リピドミクス
1 はじめに
2 リピドミクスとプロテオミクスの連携
3 中性脂質からリン脂質にわたる極性の脂質クラスの自動化分析装置
4 自動化分析装置の病態リピドミクスへの応用
第21章 メタボロミクスとゲノム情報を活用した有用酵素の探索
1 はじめに
2 CE-MSを活用した酵素機能の探索法
3 FT-ICR MSを活用した酵素の基質探索法
3.1 本手法の戦略
3.2 Bacillus subtilis由来P450の基質探索
3.3 本手法の有効性と留意点
4 FT-ICR MSを活用した関連研究
5 おわりに
第22章 根圏メタボローム解析
1 はじめに
2 根の分泌物とは
3 イネの根分泌物の一斉分析
4 微生物との相互作用
5 根の分泌物の環境要因による変動
6 菌糸の浸出物
7 今後の方向性
第23章 炭素同位体を用いた作物品質関連成分の代謝解析
1 安定同位体トレーサーとメタボロミクス
2 安定同位体比質量分析計(Isotope Ratio Mass Spectrometry,IRMS)を使用する
3 安定同位体トレーサー—IRMS法によ物質代謝解析の例—
3.1 カンショ中の桂皮酸誘導体分析
3.2 ホウレンソウにおけるシュウ酸生成と硝酸濃度還元の相関
4 13C標識の実際—個体用13C同システムの仕様
5 メタボロミクスにおけるIRMS利用のこれから
第24章 清酒酵母のメタボローム解析
1 はじめに
2 培養と試料調製
3 GC/MS分析とデータ解析
4 「清酒酵母」と「実験室酵母」との代謝の違い
5 おわりに
第25章 メタボロミクスの食品工学への応用
1 はじめに
2 メタボロミクスに用いる質量分析
3 質量分析計を用いる場合の定量性について
4 メタボロミクスにおけるデータ解析
5 メタボロミクスの食品工学への応用
6 おわりに