【第Ⅰ編　総論】
第1章　腸内常在菌叢の構成─形成過程,加齢に伴う推移,その他の影響因子など─
1　腸内常在菌叢の構成
2　ヒトの腸内菌叢の形成過程と加齢に伴う推移
3　腸内菌叢の変動因子
　3.1　宿主を介した因子
　　3.1.1　胃酸
　　3.1.2　胆汁
　　3.1.3　腸管からの分泌
　　3.1.4　腸管の運動
　　3.1.5　疾患
　　3.1.6　ストレス
　　3.1.7　妊娠
　　3.1.8　肥満
　3.2　直接作用する因子
　　3.2.1　抗菌性物質
　　3.2.2　食餌
4　おわりに

第2章　口腔常在菌叢の構成─形成過程,加齢に伴う推移,その他の影響因子など─
1　特徴
2　16SリボゾームRNAを用いた口腔微生物叢の検討
3　加齢に伴う推移
4　影響を与える因子
5　今求められること

第3章　皮膚常在菌叢の構成─形成過程,加齢に伴う推移,その他の影響因子など─
1　皮膚常在菌叢の概略
2　ヒト皮膚常在菌叢の特徴
　2.1　皮膚で検出される細菌の種類
　2.2　身体の部位,皮膚の性状によって異なる
　2.3　個人の皮膚常在菌叢は安定で,他者のものと異なる
　2.4　皮膚の中の位置によって異なる
3　皮膚常在菌叢の形成
4　そのほかの影響因子
　4.1　細菌間の相互作用
　4.2　環境の影響
　4.3　スキンケア製品の影響
5　今後の展望

第4章　口腔細菌の腸内細菌叢への影響
1　はじめに
2　口腔細菌叢と腸内細菌叢の関連
3　糞便中に口腔細菌が検出されることが報告されている疾患など
　3.1　結腸直腸癌
　3.2　関節リウマチ
　3.3　肝硬変
　3.4　炎症性腸疾患
　3.5　加齢
4　口腔内細菌の腸管への定着
5　口腔細菌叢と全身疾患の関連とそのメカニズム
6　新たな因果メカニズム　口-腸-全身軸
7　動物実験に基づくエビデンス
8　まとめ

第5章　常在菌とがん
1　はじめに
2　ヘリコバクター・ピロリと胃がん
3　腸内細菌と肝がん
4　腸内細菌と大腸がん
5　肝寄生虫と胆管がん
6　今後の展望

第6章　女性生殖器常在菌・感染微生物と周産期疾患
1　はじめに
2　女性生殖器常在菌
3　細菌叢の役割と防御メカニズム
　3.1　CSTによる違い
　3.2　乳酸
　3.3　バクテリオシン
　3.4　H2O2
　3.5　競合的阻害
　3.6　凝集/バイオフィルム形成
4　細菌叢と周産期疾患
　4.1　妊娠初期
　4.2　妊娠中期～後期
　4.3　新生児深部感染症
5　Lactobacillusとヒトとの共進化の可能性
6　まとめ

【第Ⅱ編　腸内常在菌叢】
第1章　慢性便秘症
1　はじめに
2　ブリストル便性状スコアと腸内細菌叢
3　日本人の慢性便秘症と腸内細菌叢
4　新しい便秘治療薬の腸内細菌への影響
5　ノトバイオート研究からみた便秘メカニズム
6　おわりに

第2章　炎症性腸疾患・大腸癌
1　はじめに
2　炎症性腸疾患(IBD)と腸内細菌
　2.1　IBDの腸管粘膜はleaky gutで防御能が低下
　2.2　炎症性腸疾患の原因は腸内細菌叢のdysbiosis
　2.3　UCの原因として推測された細菌
　2.4　CDの原因として推測された細菌
3　大腸癌と腸内細菌
4　おわりに

第3章　免疫系疾患(アレルギー,自己免疫疾患)
1　はじめに
2　アレルギー・自己免疫疾患における腸内細菌叢の変化
3　腸内細菌による免疫応答の調節
　3.1　腸内細菌によるTh1/Th2バランスとIgE産生応答の調節
　3.2　腸内細菌による制御性T細胞の誘導
　3.3　腸内細菌が産生する短鎖脂肪酸による免疫調節
　3.4　腸内細菌による経口免疫寛容の誘導
4　プロバイオティクス・プレバイオティクスによるアレルギー反応の調節
5　おわりに

第4章　呼吸器疾患(COPD)
1　はじめに:もう一つの臓器　腸内細菌叢
2　COPDとは
3　COPDの謎
　3.1　喫煙感受性
　3.2　2つの表現型
　3.3　併存症の発症機序
4　COPDにおけるGut-lung axis
　4.1　喫煙によって腸内環境は悪化する
　4.2　繊維除去食は喫煙による体重増加抑制および抗酸化活性低下を促進する
　4.3　繊維除去食および不定期な食事摂取は肺気腫病変を悪化させる
　4.4　繊維除去食を不定期に摂取すると喫煙による肺気腫病変の形成が促進する
5　COPDの急性増悪時における腸内細菌叢の変化
6　Gut-lung axisからみたCOPDに対する治療への展開
7　気道のマイクロバイオーム
8　おわりに

第5章　非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)・非アルコール性脂肪肝炎(NASH)
1　はじめに
2　NAFLD/NASHと腸肝相関
　2.1　病態における腸肝相関の役割
　　2.1.1　PAMPsを介した作用
　　2.1.2　腸内細菌代謝産物を介した作用
　2.2　16S rRNA解析,メタゲノム解析などの分子生物学的手法導入後の進展
3　治療応用の可能性
　3.1　抗菌薬
　3.2　プロバイオティクス
　3.3　プレバイオティクス
　3.4　FMT
4　おわりに

第6章　肥満症・糖尿病
1　はじめに
2　肥満症・糖尿病における腸内細菌の特徴
3　肥満症・糖尿病の病態に腸内細菌が影響を与える機序
　3.1　腸管内代謝産物を介する機序
　3.2　腸管のバリア機能を介する機序
4　肥満症・糖尿病の治療における腸内細菌
　4.1　細菌を用いた治療;プロバイオティクス
　4.2　消化管操作を用いた治療;Bariatric surgery
　4.3　薬物を用いた治療;メトホルミン,イオン交換樹脂
　　4.3.1　メトホルミン
　　4.3.2　陰イオン交換樹脂
5　おわりに

第7章　腎臓病
1　腎臓病の現状
2　腎臓病が腸内細菌叢へ与える影響
3　腸内細菌由来代謝産物が腎臓病へ与える影響
4　治療
5　まとめ

第8章　動脈硬化
1　動脈硬化性疾患患者の腸内細菌叢
2　動脈硬化モデルマウスにおける,Bacteroides菌の役割
3　腸内細菌由来の代謝産物Trimethylamine N-oxide(TMAO)

第9章　うつ病・自閉症
1　はじめに
2　うつ病と腸内細菌
3　うつ病患者の腸内細菌叢
　3.1　諸外国の検討
　3.2　筆者らの検討
　3.3　研究の共通点
4　自閉症スペクトラム障害
5　自閉症スペクトラム障害と腸内細菌叢
6　腸内細菌を標的にした治療

第10章　皮膚生理:乳酸菌が肌に及ぼす影響
1　はじめに
2　皮膚の構造と役割
3　乳酸菌の概要
4　乳酸菌の摂取が肌へ及ぼす影響
　4.1　肌の保湿
　4.2　弾力性,毛穴,色ムラの改善
　4.3　医師の診断による肌状態の改善
　4.4　試験対象者が感じる主観的な改善効果
5　乳酸菌摂取が肌におよぼすメカニズム
　5.1　腸内環境の正常化
　5.2　腸内細菌叢への影響
　5.3　免疫系への影響
　5.4　腸管神経系への影響
6　おわりに

【第Ⅲ編　口腔常在菌叢】
第1章　口腔常在微生物叢と口臭
1　口臭の原因物質
2　揮発性硫化物の産生メカニズムと産生細菌
3　口臭の産生部位
4　舌苔微生物叢と口臭
5　舌苔微生物叢の構成パターンと口腔の状態との関連
6　最後に

第2章　う蝕,歯周病
1　はじめに
2　う蝕と口腔常在細菌叢
3　歯周病と口腔常在細菌叢

第3章　肺炎と微生物叢
1　肺炎とは
2　肺の微生物叢
3　微生物叢と肺炎
4　ウイルス感染による微生物叢の変化と肺炎への影響
5　まとめ

第4章　ウイルス感染症(EBV)

第5章　感染性心内膜炎
1　はじめに
2　歯性菌血症
3　感染性心内膜炎(IE)
4　IEの発症メカニズムと原因菌
　4.1　IEの発症メカニズム
　4.2　原因菌
5　IEの診断
6　IEの身体所見
7　IEの治療と予防法
　7.1　治療
　7.2　予防

第6章　口腔感染症と動脈硬化
1　はじめに
2　口腔感染症と冠動脈疾患との関連性
3　動脈硬化進展における口腔細菌感染の役割
4　血管内皮細胞の活性化
5　酸化ストレス介在性メカニズム
6　高脂血症誘導性動脈硬化
7　粘膜ワクチンによる動脈硬化の予防
8　抗炎症因子を用いての動脈硬化の制御
9　おわりに

第7章　う蝕病原性細菌と脳卒中
1　はじめに
2　う蝕病原性細菌とは
3　う蝕病原性細菌と全身疾患との関連性
4　脳出血と「う蝕病原性細菌S.mutans」との関連性
5　ヒトにおけるコラーゲン結合タンパク発現S.mutansの検出
6　おわりに

第8章　糖尿病
1　糖尿病と歯周病の関係性
　1.1　糖尿病が歯周病に及ぼす影響
　1.2　歯周病が糖尿病に及ぼす影響
2　歯周炎症が全身に及ぼす影響
　2.1　動脈硬化促進因子としての歯周病
　2.2　インスリン抵抗性惹起因子としての歯周病
3　歯周炎症の増幅機序～脂肪細胞-マクロファージ相互作用に基づいた一連の検討より
　3.1　歯周炎症が脂肪細胞-マクロファージ相互作用に及ぼす影響
　3.2　LPS刺激による脂肪細胞-マクロファージ共培養系における変動遺伝子群の網羅的解析
　3.3　脂肪組織を介した歯周炎症の増幅が脂肪組織内への樹状細胞遊走に及ぼす影響
　3.4　そのほかの免疫反応が脂肪組織内炎症を増幅させる可能性
4　臨床介入試験が示唆するもの
　4.1　ヒロシマスタディより
　4.2　米国医師会雑誌における報告
　4.3　米国医師会雑誌報告に対する反証論文
5　結びに

第9章　口腔微生物と口腔がん
1　はじめに
2　口腔がん
3　う蝕と口腔がん
4　歯周病と口腔がん
5　ウイルスと口腔がん
6　おわりに

第10章　口腔内細菌と大腸癌
1　はじめに
2　大腸癌と腸内細菌叢
3　口腔内細菌としてのF.nucleatum
4　口腔内細菌としてのF.nucleatumと大腸癌と関連のある腸内細菌としてのF.nucleatumの関連
5　口腔内細菌と大腸癌研究の今後の展望
6　おわりに

第11章　膵臓がんと細菌に関する研究
1　はじめに
2　膵臓にいるGammaproteobacteriaという細菌は,膵臓がんの抗がん薬耐性と関連する
3　膵臓にいる細菌のパターンによって,膵臓がんの悪性度や免疫学的な微小環境が変化する
4　膵臓にいる真菌が,マンノース結合レクチンを介して,膵臓がんの進展を促進する
5　膵液中に存在する細菌の探索
6　膵液中に存在する腸球菌の血清診断の可能性
7　おわりに

第12章　歯周病と非アルコール性脂肪肝炎
1　はじめに
2　非アルコール性脂肪肝炎(NASH)とその発症のメカニズム
3　歯周病原性細菌と全身疾患
4　歯周病原性細菌P.gingivalisによるNASH発症とそのメカニズム
5　歯周病治療によるNASH発症抑制は可能か?
6　おわりに

第13章　腎臓疾患
1　はじめに
2　口腔内衛生と腎臓病・心血管系合併症
3　慢性腎臓病と口腔内細菌叢の網羅的解析
4　IgA腎症の発症と細菌多様性の関連
5　IgA腎症患者の扁桃細菌叢
6　口腔内細菌叢に対する免疫反応と腎臓病の発症メカニズム
7　腎臓病治療ターゲットとしての口腔内常在菌
8　まとめ

第14章　関節リウマチ
1　関節リウマチとは
2　歯周病とRA-共通する病態と双方向性の作用-
3　歯周病・Porphyromonas gingivalis とACPA
4　おわりに

第15章　認知症
1　はじめに
2　ADにおける脳炎症
3　ADに関わる全身炎症
4　全身炎症と脳炎症
5　P.gingivalisとAD
6　P.gingivalisのADへの関与メカニズム
　6.1　脳病態の誘発,促進
　6.2　全身炎症の増大
　6.3　全身炎症組織のAβ産生誘導
　6.4　全身Aβの脳内輸入
7　終わりに

第16章　妊娠合併症
1　はじめに
2　口腔内常在菌と胎盤の常在菌
3　歯周病と早産
4　歯周病と妊娠高血圧症候群
5　歯周病と胎盤傷害の関連
6　おわりに

【第Ⅳ編　皮膚常在菌叢】
第1章　体臭
1　はじめに
2　体臭
　2.1　体臭の特性
　2.2　体臭と皮膚常在菌の関係
　2.3　腋臭と皮膚常在菌
　2.4　頭皮臭と皮膚常在菌
　2.5　足臭と皮膚常在菌
3　細菌代謝制御による体臭予防
4　おわりに

第2章　肌性状(顔の美容への影響)
1　はじめに
2　発展期を迎えた皮膚常在菌叢研究
3　注目されるS.epidermidis
4　S.epidermidisをターゲットとしたスキンケア製品
5　美肌菌戻し法
6　おわりに

第3章　フケ症
1　はじめに
2　フケ症の要因
3　フケ症者の表皮組織
4　フケ症と真菌
5　フケ症と細菌
6　Staphylococcus属細菌とフケ症
　6.1　日本人頭皮フケ実態調査
　6.2　頭皮に存在するStaphylococcus科細菌
　6.3　Staphylococcus capitisのヒスタミン産生
　6.4　Staphylococcus capitis産生ヒスタミンが表皮へ与える影響
7　フケ症と微生物
8　まとめ

第4章　アトピー性皮膚炎と皮膚細菌叢
1　はじめに
2　アトピー性皮膚炎とDysbiosis
3　アトピー性皮膚炎と黄色ブドウ球菌
4　皮膚細菌叢を標的としたアトピー性皮膚炎治療の可能性
5　アトピー性皮膚炎における皮膚マイクロバイオーム研究の課題
6　おわりに

第5章　皮膚真菌マイクロバイオームとしてのMalassezia
1　マラセチア(Malassezia)の菌学的特徴
2　マラセチアのゲノム
3　皮膚真菌マイクロバイオーム
4　各種皮膚疾患におけるマラセチアマイクロバイオーム
5　マラセチアと脂漏性皮膚炎
　5.1　脂漏性皮膚炎患者皮膚の真菌マイクロバイオーム
　5.2　脂漏性皮膚炎とマラセチアリパーゼ
　5.3　アリール炭化水素受容体

第6章　褥瘡後感染症・日和見感染症
1　ほとんど明らかにされていない,寝たきり高齢者の皮膚における疾患・障害と皮膚常在細菌叢との関連性
2　皮膚ならびに皮膚常在細菌叢の特徴
3　新たな改良方法による皮膚常在細菌叢のサンプル採取方法
4　寝たきり高齢者の皮膚常在細菌叢の特徴と褥瘡後感染症との関連
5　高齢者における皮膚常在細菌叢の変化と日和見感染症発症との関連性
6　今後の検討すべき課題および結語